El sistema de membrana es basa en un funcionament continu com a base de disseny, però en el funcionament real, sempre hi haurà una certa freqüència d'inici i apagat.
Quan s'apaga el sistema de membrana, l'aigua de permeat o l'aigua pretractada s'ha d'utilitzar per al rentat a baixa pressió per substituir l'aigua concentrada amb alta concentració però que conté inhibidor d'escales de l'element de membrana. També s'han de prendre mesures per evitar que l'aigua surti del sistema i introdueixi aire, ja que es pot produir una pèrdua irreversible de flux de permeat si l'element perd aigua i s'asseca.
Si el temps d'inactivitat és inferior a 24 hores, no calen mesures per evitar el creixement microbià. Tanmateix, si el temps d'inactivitat supera les disposicions esmentades anteriorment, s'hauria d'utilitzar fluid protector per a la preservació del sistema o el sistema de membranes s'ha de rentar regularment.
